下面就PCR仪的一些主要需要考虑的因素做简单的说明： 
         1、样本管的种类：
         现在主要有0.2ml和0.5ml两种，使用0.5ml PCR管的人员已经很少了，一是0.5ml PCR的薄壁管比较少，二是如果想要较大体积的PCR产物，可以通过多分几个0.2ml PCR管来实现。 除非经常需要较大体积的PCR产物，否则可以不用考虑0.5ml型的PCR仪 。
         2、样本容量：
         种类很多，0.2ml的有96孔和48孔，0.5ml的有60孔和30孔，384孔等，当然还有一些其他组合：如0.2ml的48孔与0.5ml的30孔组合。
         3、温度梯度功能：
         即不同列或不同行之间温度可以为不同的温度。这一功能对于固定PCR程序的检验人员来讲，可能用处不大，但对于经常进行不同基因扩增的研究人员来讲可以说是需要的。
         4、计算控温与模块控温：
         模块控温是早期PCR仪所使用的控温方式，即所设定的温度为加热模块的温度，在变温过程中，快要达目标温度时，PCR仪将升降温速率降低，让模块的温度慢慢接近目的温度，而不发生过冲。
         计算控温也称为管式控温，即考虑的是PCR反应管中的温度，为了增加使反应管中温度到达目的温度，模块温度先过冲，然后在反应管中温度接近目的温度时调节到合适的温度，调节方式是通过理论计算与实验相结合而来的，与反应管中的反应液的体积有关，因此计算控温模式都需要实验人员输入反应液的体积。计算控温模式已经是普遍采用的方式了。
         5、断电保护功能：
         这也是一个很有用的功能，主要是在中小城市，经常会发生短时间停电、保险丝融断以及空气开关跳闸等现象，如果没有这一功能，开机后不能自动接下来进行实验，往往会影响工作。
         6、热盖功能：
         热盖功能是各个厂家都有的，如果没有，怕是没人要了。热盖也分为可调式热盖和不可调式热盖。可调式热盖中又有力矩式可调热盖，主要解决在压紧热盖时用力过大及过小的问题。
         7、软件功能：
         仪器软件功能方面当然都可以设置PCR程序了，只是方便不方便的问题，用熟了便方便了，差别不大。只是有的显示屏大些，可以画出一个温度变化曲线来，但大都是模拟的，意义也不大，只是好看些。还有如每个循环增减温度以及增减时间的功能，好像多数仪器都有，如有这方面的需要则要注意一下。
         8、使用寿命：
         仪器的使用寿命，如果不考虑维修的成本，则主要与半导体制冷片的寿命相关。
         9、 电源稳定性：
         这是一个很重要的因素，但也是用户有所忽视一个因素。因为大多数的仪器出现故障都是由于电源问题或是电源问题造成的。由于PCR仪是一个变温仪器，也是一个使用时间长并且经常连续使用的仪器，有些用户1天使用达20小时左右。电源出问题的原因是多方面的，一是潮气和灰尘，在，北方的灰尘很大，南方的潮气很重。有时灰尘大到有些PCR仪打开后看不到电子元件了，电路板散热不好，造成电源部分烧坏。有时潮气大到仪器内可以流出水来，造成电路板短路，电源部分烧坏。
         10、维修成本与保修时间：
         这是一个很实际的问题，大多数PCR仪都只保修一年，有些在用户的要求下会增加保修时间。一般仪器的保修费用为仪器价格的8-12%每年，所以保修也就是钱。一般来讲仪器的维修成本会比较高，一是配件成本本身就高，二是运输费用及关税等。另外仪器厂家一般不允许进行原件的维修，是出于利润以及质量两方面的考虑，其实国外元件维修的成本也许比换电路板成本还高。因此只有人员才进行元件的维修，人力成本低，水平也高些。
         11、温度的准确性与性：
准确性与性都是有标准定义的。指调查或试验中同一指标或性状的重复观测值彼此接近程度的大小。就PCR仪来讲，准确性指的是设定温度与实际温度差别的大小，而性则是指不同孔间温度的差别。一般来讲，加热模块的温度的准确性和性都要好些。
         12、升降温速率：
这是很多的购买者关心的问题，它可能会影响PCR反应时间。但在这个问题上有些理解上的差别。一般仪器所标注都是大升降温速率，而用户所理解的是温度差与升降温所用时间比值。这是有些用户发现升降温速率达不到仪器所标注的速率的原因。用户所关心的是对用户来讲有意义的。过度的升降温速率对于用户来讲意义不大，因为容易引发温度过冲，并需要较长时间来调整。